Andererseits betrieb er den Beitritt seiner Heimat zur Helvetischen Republik, als deren Generalstabschef er im Frühjahr 1799 zugleich Oberbefehlshaber der Armee war.

Obwohl er dem einflussreichsten Adelsgeschlecht des Freistaates der Drei Bünde angehörte, begeisterte er sich als Offizier in französischen Diensten für die Ideale der Revolution.

Johann Gaudenz Gubert von Salis-Seewis wurde als «namhaftester Schweizer Lyriker vor Gottfried Keller» bezeichnet.